Всего в составе флотилии в разное время состояло 188 ПЛ.
11-я Флотилия была создана 15 мая 1942 года. Лодки флотилии по большей части действовали в Северном Ледовитом океане против арктических конвоев идущих в СССР. В сентябре 1944, Флотилия была реорганизована, и в нее были включены лодки, ранее базировавшиеся во Франции. Первая ПЛ типа XXI U-2511, которая выходила на боевое патрулирование была из состава 11-й флотилии.