По-крайней начиная с 1990-х годов традиционная версия смерти Клеопатры - самоубийство посредством змеиного укуса - стала ставиться под сомнение некоторыми авторами. Речь обычно идёт о наиболее распространённой версии Плутарха в главе о Марке Антонии из "Сравнительных жизнеописаний", согласно которой Клеопатра спрятала одну змею в корзине с фигами, чтобы её не заметила стража. В 1992 г. в "Лос Анджелес Таймс" вышла статья, где американский искусствовед Роберт Бианчи предпочёл версию Страбона, согласно которой яд Клеопатры не был змеиным. В 2010 г. в журнале "Toxicology" вышла статья Уильяма Малони "The Death Of Cleopatra, A Medical Analysis Of The Theory Of Suicide By Naja Haje", которая выдвинула несколько экзотическую версию о политическом убийстве. Статья заключила, что "факты определённо указывают на убийство в политических целях от рук Октавиана и его людей, нежели на самоубийство". Малони предположил, что поскольку вместе с Клеопатрой погибли две её служанки, яда одной кобры было недостаточно, поэтому в корзине надо было пронести либо одну невероятно крупную кобру, либо 2-3 обычных, что делало бы корзину громоздкой и достаточно тяжёлой. Два маленьких прокола на коже Клеопатре, о которых сообщает ряд первоисточников, Малони трактует как следы от введения какого-то другого яда по указке Октавиана, который таким образом хотел замаскировать убийство, выдав его за самоубийство от змеиного укуса. Вместе с тем Малони отмечает, что яд египетской кобры (Naja haje) достаточно силён, чтобы убить одного человека. Версию о политическом убийстве поддержала также вышедшая в 2013 г. книга "The Murder of Cleopatra: History's Greatest Cold Case" авторства Пэт Браун. Браун задалась, в частности, вопросами, почему стража не проверила корзину, почему Октавиан, который хотел взять Клеопатру живой для своего триумфа в Риме, позволил себе на такую халатность, почему Клеопатра не могла пронести яд в более удобной форме и почему первоисточники не упоминают симптомов отравления змеиным ядом. В 2014 г. версия политического убийства появилась в 1-м томе многотомника "History of Toxicology and Environmental Health". Иногда утверждается, что упоминания о змеином укусе в источниках - это следствие октавианской пропаганды, распространявшей эту версию для маскировки политического убийства. Филипп Ванденберг в книге "Caesar und Kleopatra" предположил, что Клеопатра носила змеиный яд в углублении заколки для волос, о которой упоминает Плутарх.
В этой связи вернёмся к первоисточникам. Их обзор приведён, в частности, в книге "Cleopatra: A Sourcebook" издательства Оклахомского Университета, а также в статье А. С. Мартынова "Загадка смерти Клеопатры VII в античной литературной традиции". О смерти Клеопатры пишут шесть античных историков и один врач: Плутарх, Дион Кассий, Страбон, Светоний, Веллей Патеркул, Луций Анней Флор и Гален. Из них наиболее близким к событию был Страбон, современник Клеопатры, посетивший Египет через шесть лет после её смерти. В "Географии" Страбон пишет, что Октавиан распорядился взять Клеопатру живой и что она совершила самоубийство либо посредством змеиного укуса, либо посредством ядовитой мази. Плутарх в "Сравнительных жизнеописаниях" сообщает, что когда над Антонием нависло неминеумое поражение, Клеопатра стала испытывать на приговорённых к смерти различные яды и остановила свой выбор на аспиде (ἀσπίδος), а последние дни провела в гробнице (τάφον) или мавзолее собственного проекта. Плутарх ссылается на врача Олимпа, которому Клеопатра рассказала о своём намерении самоубийства, и который, согласно Плутарху, впоследствии написал книгу об этих событиях (по-видимому, не сохранилась). Плутарх также сообщает, что Октавиан послал своё доверенное лицо, Прокулея с наказом по возможности взять Клеопатру живой для своей триумфальной процессии. Однако ему не удалось предотвратить смерть Клеопатры. Хотя Плутарх отмечает, что змеиный укус - это только одна из версий смерти, он отмечает что Октавиан не был заинтересован в убийстве Клеопатры, старался взять её живой и, узнав о её смерти, разочаровался. Таким образом, версию о самоубийстве тем или иным способом прямо поддерживают врач Олимп, общавшийся с Клеопатрой в то время, и пять античных историков - Страбон, Дион Кассий, Светоний, Веллей Патеркул и Флор. Гален, не поддерживая какую-либо версию, отмечает однако, что сам видел действие змеиного яда на человека в Александрии и что таким способом казнили приговорённых к смерти.
А чтобы принять версию об убийстве Октавианом, надо предположить, что все пять античных историков, в том числе греки Плутарх и Страбон, базировались на римской пропаганде, распространявшей версию о самоубийстве, а врач Олимп был продуктом такой пропаганды, что было бы весьма экзотично. Поэтому можно обоснованно принять версию о самоубийстве ядом, необязательно от укуса. Обе версии, впрочем, имеют своеобразный шарм: трагиромантическая версия о самоубийстве ставит Клеопатру рядом с Бони и Клайдом и Ромео и Джульеттой, а версия о политическом убийстве снимает с неё вину за смерть, возлагая её на противника Октавиана и Рим, который вскоре аннексировал её царство в качестве новой провинции.