Да, надо признать, что я оказался неправ. Волнует биологов кодирование информации ДНК. Даже очень. И технократический подход к этой проблеме есть. Может быть не совсем такой, как хотелось мне, но ... есть заинтересованность в нахождении истины. И это главное.
Петр Петрович Гаряев прислал мне свою последнюю монографию для изучения и понимания, за что ему отдельная благодарность.
Но, вместе с новой информацией возникли и новые вопросы. О некоторых из них я и попробую рассказать в этой статье.
Два пишем, один - в уме...
Нечеткое следование триплетам при трансляции белка мы уже отмечали [7]. Тот же вопрос исследует и П.П.Гаряев. Вот фиксируется видимое противоречие:
"Точность кодирования последовательностей аминокислот белков в этой модели странным образом уживается с двойной вырожденностью предлагаемого "кода" по линиям избытка транспортных РНК (тРНК) по сравнению с числом аминокислот и неоднозначного соответствия кодон-антикодон, когда только двум (а не трем) нуклеотидам триплетов иРНК необходимо точное спаривание c антикодоновой парой нуклеотидов тРНК, а по третьему нуклеотиду природой допускается неверное спаривание, так называемое "воблирование" (от англ. слова "wobble"- качание) по гипотезе Ф.Крика [4]. Это означает, что некоторые антикодоны могут "узнавать" более одного кодона в зависимости от того, какое основание находится в 1-м положении антикодона, соответствующем 3-му положению нуклеотида с учетом их антипараллельного комплементарного взаимодействия. "Узнавание" такого рода "неправильное", если следовать парадигме генетического кода, поскольку возникают неканонические пары оснований "Аденин-Гуанин", "Урацил-Цитозин" и другие с энергетически невыгодными водородными связями. "Код", особенно митохондриальный, становится настолько вырожденным, и логически следующий отсюда произвол включения аминокислот в пептидную цепь столь велик, что как бы исчезает само понятие генетического кодирования". [2]
Вопрос поставлен:
"Точность белкового синтеза эволюционно консервативна и высока, но может ли она достигаться такого рода "тайнописью", когда "знак" (кодон) и "обозначаемое" (аминокислота) не всегда изоморфны, не однозначны? Если придерживаться старой догмы генетического кода, логично думать, что две разные аминокислоты, шифруемые двумя одинаковыми (третий не важен) нуклеотидами кодонов иРНК, будут с равной вероятностью включаться в пептидную цепь, т.е. случайно. И таких парных неоднозначностей даже в немитохондриальном коде насчитывается шесть, если не считать еще две по стоповым кодонам (они же "нонсенс" или бессмысленные). Так что же, существует "индульгенция разрешения" частых и случайных замен аминокислот при синтезе белков? Однако, известно, что такие случайные замены в большинстве случаев имеют самые отрицательные последствия для организма (серповидная анемия, талассемии и т.д.). Налицо явное противоречие: нужна точность (однозначность) отношений "знак-обозначаемое" (кодон-аминокислота), а придуманный людьми код ее не обеспечивает". [2]
Объяснения сути противоречий и предложенного варианта решения:
"Видно, что пары разных аминокислот шифруются одинаковыми значимыми дублетами кодоновых нуклеотидов ("воблирующие" мало значимые, по Крику [4], и вообще нечитаемые, по Лагерквисту [11], нуклеотиды смещены в индекс). В терминах лингвистики это явление носит название омонимия, когда одни и те же слова имеют разный смысл (например, русские слова "лук", "коса" или английские "box", "ring" и т.п.). С другой стороны, избыточные различающиеся кодоны, обозначающие одни и те же аминокислоты, уже давно рассматривают как синонимичные". [4]
"...Для большей иллюстративности мы приводим таблицу генетического кода, представленную Лагерквистом и перегруппированную им по кодоновым семействам с ориентировкой на первые два рабочих нуклеотида: