Высшим органом Особого департамента являлась Коллегия при Директоре Департамента, приказы который были обязательны для исполнения всеми подразделениями, включая территориальные.
Состав коллегии Департамента на конец 1895 года:
Директор Особого Департаментапри канцелярии Е.И.В.генерал-лейтенант Николай Иванович Петров.
Заместитель Директорадействительный тайный советник Петр Николаевич Дурново
Пётр Николаевич Дурново
Начальник Московского городского управления. генерал от кавалерииАлександр Александрович Козлов
Александр Александрович Козлов
Начальник Санкт-Петербургского городского управления
Полковник Павел Григорьевич Курлов
Начальник Секретно-оперативного управления генерал-майор Михаил Михайлович Бородкин
генерал Михаил Михайлович Бородкин
Начальник 4-го управления-Главной инспекции Армии и Флота генерал-лейтенант Николай Михайлович Чичагов
Командующий Отдельного корпуса пограничной стражигенерал от артиллерииАлександр Дмитриевич Свиньин
А. Д. Свиньин
Начальник черного кабинета действительный статсткий советник Никола?й Па?влович Га?рин
Директор Отдельного Корпуса Жандармовгенерал-лейтенант барон Александр Николаевич Меллер-Закомельский
Все члены коллегии имели право прямого доклада государю с предварительным уведомлением Директора Департамента и в его присутствии.
Для решения задач согласно Положению о Особом Департаменте в течение 1895 года создаются:
Центральное Главное управление департамента
14 Территориальных окружных управлений
Московское и Санкт-Петербургское городские управления
Особые отделы военных округов и армий
Особые отделения охраны границ
Транспортные отделы Департамента на железнодорожных и водных путях сообщения
Юридический отдел Департамента для контроля за законностью в деятельности Департамента.
Из ведения министерства финансов выводится Отдельный корпус Пограничной стражи и переподчиняется Директору Особого Департамента.
Отдельный корпус жандармов переподчиняется Особому Департаменту с выводом его из подчинения МВД
С 1 декабря 1895 года Центральное управлениеимеет следующую структуру:
1-е Административно-организационное управление, в функцию которого входит формирование структуры департамента, кадровая работа, контроль за деятельностью территориальных и местных органов Департамента.
2-е Секретно-оперативное управление СОУ ОД, начальник генерал-майор Михаил Михайлович Бородкин
генерал Михаил Михайлович Бородкин
,имеющее 10 отделов:
1-й Секретный отдел СО, (начальникдействительный статский советник Александр Александрович Макаров.)
Александр Александрович Макаров
по борьбе с антигосударственной деятельностью отдельных лиц, партий, организаций, структур. Имел 10 отделений:
1 отделение-- по борьбе с анархистами
2 отделение -- по борьбе с социал-демократами
3 отделение-- по борьбе с группами "Народная воля"
4 отделение -- по борьбе с радикальными национальными, в т.ч. еврейскими, группами и партиями
5 отделение-- по борьбе с антигосударственно настроенной интеллигенцией и молодёжью
6 отделение-- по борьбе с сектами
7 отделение-- по борьбе с закавказскими национальными движениями
8 отделение -- по борьба с протестными акциями рабочих и безработных
9 отделение--- по борьбе с польскими национальными движениями
10 отделение---по борьбе с финскими национальными движениями.
2-й Особый отдел ОО (начальник полковник Владимир Фёдорович Джунковский)
, задачей которого была осведомительно-информационная работа согласно Особому указанию Императора.
3-й Контрразведывательный отдел КРО (начальник . Дми?трий Серге?евич Сипя?гин)
Дмитрий Сергеевич Сипягин
, задачей которого была борьба с иностранной разведкой, разведкой политических антигосударственных партий, террористов и шпионов внутри государства .
4-й Иностранный отдел ИНО (начальникподполковник Иван Алексеевич Хольмсен ), организовывавший разведывательную деятельность в рамках борьбы с вооруженной антироссийской деятельностью в ряде стран. Имел 8 отделений:
1 отделение-Германия и Австро-Венгрия
2 отделение-Скандинавия
3 отделение-Италия
4 отделение -Балканы
5 отделение-Франция
6 отделение-Великобритания .
7 отделение-США
8 отделение-Испания и Португалия
5-й Восточный отдел (начальникполковник Андре?й Евге?ньевич Сне?сарев)
Снесарев Андрей Евгеньевич
для борьбы с вооруженной антироссийской деятельностью в Азии.
Имел 8 отделений:
1 отделение Армения
2 отделение Хива и Бухара
3 отделение Российские владения в Средней Азии
4 отделение Дальний Восток
5 отделение Афганистан
6 отделение Синьцзян и Кашгар
7 отделение Монголия и Маньчжурия
8 отделение Корея и Япония.
6-й Транспортный отделдля организации контрразведки на транспорте (главным образом, железная дорога и водный транспорт)
7-й Оперативный отдел ОПЕРОД для проведения силовой разведки, наблюдения, ликвидации, ареста и обысков, борьбы с бандитизмом и терроризмом.
8-й Информационный отдел для политического и экономического информирования населения.
9-й Отдел контроля и цензурыдля контроля за цензурой и охраной государственной тайны в СМИ и среди населения.
10-й Отдел центральной регистратуры для учета и ведения статистики.
3-е Экономическое управление ЭКУ для ликвидации шпионажа и диверсий в сфере экономики.
4-е управление- Главная инспекция Армии и Флота (военная контрразведка)начальник генерал-лейтенант Николай Михайлович Чичагов )
для контроля за частями Гвардии, Армии и Флота, включая военную контрразведку.
5-е управление--черный кабинет Е.И.В. начальникдействительный статсткий советник Николай Павлович Гарин
Имел 2 отдела:
1-й Отдел шифрования -- для обеспечения безопасности связи( разработка и контроль шифров)
2-й Специальный отдел-- перлюстрация и дешифровка.
Юридический отдел -- для контроля за правомерностью действий подразделений и сотрудников , подготовки предложений и законопроектов, судебных дел.
Корпус пограничной стражи -- Командующий генерал от артиллерииАлександр Дмитриевич Свиньиндля охраны границ государства.
Корпус Жандармов
Директоргенерал-лейтенант барон Александр Николаевич Меллер-Закомельский
Численность центрального аппарата составляла на конец 1895 года 3500 человек( без учета численности ОКПС и Корпуса жандармов)
Надзор за деятельностью Особого Департамента был уполномочено осуществлять Контрольное управление Канцелярии Е.И.В.
