В недели, предшествовавшие Шестидневной войне Бен Гурион был ярым противником превентивного удара, даже обвинял израильское руководствов ошибочных действиях, ведущих к обострению. Однако 5 июня 1967 года дал согласие на присоединение возглавляемой им партии РАФИ к правительственной коалиции. Ведущей войну.
Бен Гурион был противником захвата Голанских высот. 9 июня, когда был сорван режим прекращения огня, между Израилем и Сирией, написал в дневнике что Израиль виновен в этом нарушении. "Мы не нуждаемся в Голанских высотах, поскольку не останемся там. Согласились на прекращение огня но продолжаем стрелять. Это нанесет ущерб доброму имени Израиля и нашем предприятиям на севере.
Результаты войны не изменили принципиального отношения Бен Гуриона к необходимости территориального компромисса. Он призывал вернуть Западный Берег Иордании Утверждал что абсорбция репатриантов- это сердцевина сионистского проекта и это нужно продолжать без расширения территории. Для решения этой задачи достаточно границ 1949 года.
"Я уверен, что эти границы вместят всех евреев, которых мы желали бы видеть в стране. Территория Бельгии равна территории Израиля до Шестидневной войны и она вмещает 12 млн. населения. Я уверен что если бы спросили еврейский народ- он за мир или за бесконечную войну для расширения территории - большинство высказалось бы за мир."
("Стой! - Нет границы! О границах и их исчезновении в Израиле 2017 года. Едиот ахронот и Шемед Сфарим. 2017. стр. 106-107.)