Если выбить плохо вооруженную ИРА из городов было задачей нетрудной, то справится с ними в провинции было не так-то просто - армия как раз и создавалась на партизанских принципах и большинство республиканских бойцов имели опыт войны за независимость.
Памятуя недавний опыт, Линч реорганизовал ИРА в летучие колонны. ИРА вернулась к той же схеме, по которой она действовало во время недавней войны с Англией. Боевые действия велись в основном на западе и юге страны, но в районе Дублина сторону республиканцев заняла долгое время остававшаяся нейтральной четвертая северная дивизия ИРА. Она совершала незначительные, но регулярные нападения на правительственные силы в ходе всей войны. ИРА совершила череду дерзких нападений на правительственные войска в августе и сентябре. Во время одного из таких боев погиб бывший герой ИРА, один из основателей Армии и главнокомандующий правительственными войсками - Майкл Коллинз. Хотя в отряде Коллинза и был броневик, что позволяло не обращать на засаду вообще никакого внимания, но Коллинз по каким-то причинам решил принять бой и был застрелен необычной разрывной пулей из обычного охотничьего ружья. Причем он стал единственной жертвой этой стычки. Коллинз, отдавший значительную часть своей жизни отдал борьбе с англичанами, проливший на ней немало крови и сотни раз чудом ускользал от смерти. Вряд ли он мог помыслить, что умрет от пули солдата ИРА.
В конце августа от инсульта умер и Гриффит - президент Свободного государства, основатель Шинн Фейн. Однако эти смерти первых лиц страны ничего не дали оппозиционерам. Де Валера в октябре 1922 года попытался создать политическое крыло ИРА, объединив поддержавших его членов парламента в "республиканское правительство". Но это правительство не пользовалось поддержкой населения и никакого влияния на политическую жизнь не оказывало.
В конце 1922 года произошло еще одно событие, сделавшее эту войну еще более неприглядной. В ноябре правительство Свободного государства начало санкционировать расстрелы пленных республиканцев. Вчерашние братья по оружию принялись убивать друг друга не только из засад и на полях сражений, но и казнить на эшафотах. 17 ноября пять бойцов ИРА были расстреляны. В ответ на это ИРА убила "за-договорного" депутата Шона Хейлза. Уже на следующий день "договорники" расстреляли пять видных республиканцев, по одному от каждой провинции (в их числе был и герой Четырех судов Рори О`Коннор. Взаимное озверение быстро достигло тех же масштабов, что в противостоянии католиков и протестантов в Северной Ирландии. Так, правительственные войска использовали такие методы казни, как подрыв пленных на минах. А республиканцы занимались убийствами ни в чем не повинных родственников своих политических соперников, таким образом погиб дядя следующего после Гриффита президента Ирландии Уолтера Косгрейва. Официально было властями Свободного государства было проведено за время войны 77 казней (неофициальные расстрелы никто не считал). Республиканцы предположительно казнили 153 человека.
Осень и зима стали особенно успешными для действий правительственной армии. Национальная армия смогла уничтожить многие отряды ИРА и взять в плен многих оппозиционеров. Так, например, были схвачены около сотни бойцов ИРА, которые действовали в районе Дублина и планировали взорвать ведущие в город мосты. С ними в тюрьме оказался и О`Мэлли пророчески предсказавший, что из партизанской тактике ничего не выйдет. На тот момент, в точном соответствии с его прогнозами численность Национальной армии, за счет призывных мероприятий, выросла почти до 50 тысяч человек, в то время как ИРА рекрутов брать было негде - ирландцы, в массе своей уже уставшие от войны, не стремились принимать участие в новой.
В поисках новых решений, в конце 1922 года Линч отдал приказ о начале рельсовой войны, полагая, что сможет добиться перевеса в воне, если лишит противника инфраструктуры. С начала 1923 года ИРА смогла уничтожить 375 миль железнодорожных путей, 42 поезда сошло с рельс, а 207 мостов были взорваны. В этих многочисленных операциях погибли всего два гражданских лица. Но и такая тактика перелома в войне не принесла.
В январе в плен попал республиканский командир Дизи (это член его отряда застрелили Коллинза). В ответ на обещание сохранить ему жизнь, Дизи издал приказ с призывом сложить оружие. Это был первый такой случай явной трусости в республиканском руководстве и он отрицательно сказался на морали ИРА. Продолжали ИРА преследовать и военные неудачи. Ситуация казалась все более бесперспективной и Де Валера предложил ИРА задуматься о перемирии, но получил отказ. ИРА собиралась драться до последнего.
Все изменила смерть Линча. Главком повстанцев погиб так же как и Коллинз - от случайно пули в очередной перестрелке 10 апреля 1923. Кроме того в плен поал целый ряд высших офицеров ИРА. Следующий главком ИРА - Фрэнк Эйкен был более прагматичным человеком и понимал, что война проиграна. И 24 мая 1923 года Эйкен издал приказ о прекращении огня. Он призвал бойцов ИРА сложить оружие, но не сдаваться и "не продолжать бой, который нельзя выиграть". ИРА разошлась по домам. Война закончилась.